Mas mais de 150 substâncias minoritárias foram identificados em sua composição — e são estes os responsáveis ​​pela maioria das propriedades biológicas e saudáveis ​​atribuídas a ele.

O teor de todos estes compostos varia em função das flores das quais o mel é proveniente (mel de castanha, mel de flor de laranjeira, etc.) e da região geográfica e da estação do ano.

É por isso que as flores servem como biomarcadores da identidade do mel.

Entre estes compostos minoritários, estão alguns minerais (sobretudo, potássio), vitaminas (principalmente, ácido fólico ou vitamina B₉ e vitamina C), polifenóis, aminoácidos, enzimas e proteínas, ácidos orgânicos (responsáveis ​​por sua acidez), carotenoides e compostos voláteis (aromáticos, que também são usados ​​para identificar a origem floral).